Pada masa tahun ini Desa Balirejo masih berstatus sebagai Unit Pemukiman Transmigrasi karena Tahun 1978 awal dari Transmigrasi asal Bali dan Jawa memasuki UPT Kalaena Kiri III Kecamatan Mangkutana Kabupaten Luwu. Kurun Waktu tersebut UPT Kalaena Kiri III dipimpin oeh Kepala Unit Transmigrasi Kalaena Kiri III dan Dipimpin pula Koordinator Administrasi Desa (KAD) yaitu Gusti Komang Sadiem.

Seiring dengan telah Defenitinya desa Balirejo pada tahun 1989,pada saat itu pula telah dilaksanakannya pemilihan Kepala Desa yang pertama secara langsung dan yang terpilih adalah Dewa Gede Sudana. Menjalankan tugasnya sampai beliau meninggal pada tahun 1997 dilanjutkan oleh Pelaksana tugas I Ketut Korban sampai tahun 1999.

Pada tahun 1999 diadakan Pemilihan Kepala Desa Balirejo yang kedua adapun yang terpilih adalah Bapak I Ketut Suantara. Seiring dengan pemekaran daerah pada tahun 1999 Desa Balirejo Berkecamatan Angkona Kabupaten Luwu. Pada Tahun 2002 Desa Balirejo Kecamatan Angkona Berkabupaten Luwu Utara sampai tahun 2004 selanjutnya pada tahun 2004 Desa Balirejo Kecamatan Angkona Berkabupaten Luwu Timur sampai sekarang. Bapak I Ketut Suantara menjalankan tugasnya sebagai Kepala Desa Balirejo Kecamatan Angkona sampai Juni tahun 2008 dilanjutkan oleh  Pelaksana Tugas Kepala Desa, I Putu Suwastika sampai terlaksananya Pemilihan Kepala Desa Balirejo yang ketiga tahun 2009.

Pemilihan Kepala Desa Balirejo Kecamatan Angkona Kabupaten Luwu Timur yang ketiga dilaksanakan pada bulan Januari 2009 yang terpilih adalah Bapak I Nyoman Santosa dan diangkat serta dilantik pada bulan April 2009. Beliau menjalankan tugasnya sampai akhir masa jabatan enam tahun yaitu periode 2009 - 2015. Dengan terbitnya Undang-Undang tentang Desa tahun 2014, pemilihan Kepala Desa dilaksanakan secara serentak di Kabupaten Luwu Timur. Pilkades serentak pertama dilaksanakan pada 12 September 2015 yang diikuti 51 Desa salah satunya Desa Balirejo.

Pada tahun 2012 tepat di bulan Desember, Desa Balirejo telah dimekarkan menjadi dua yaitu Desa Balirejo dan Desa Wanasari Pejabat Kepala Desa Wanasari saat itu adalah Bapak Musa, staf dari Kecamatan Angkona.

Terjadi transisi pemerintahan sebelum Pemilihan Kepala Desa yang ke 4 yang dijabat oleh pelaksana tugas yaitu I Putu Suwastika sampai 17 November 2015. Pada tanggal 17 November 2015 telah dilantik Kepala Desa Balirejo Kecamatan Angkona Kabupaten Luwu Timur hasil pemilihan tanggal 12 September 2015 yaitu Bapak Ketut Artawan dengan masa bakti 2015-2021. Dilantik Oleh Bapak Pj. Bupati Luwu Timur Irman Yasin Limpo,di Lapangan Merdeka Malili secara Serentak 51 Desa

Terjadi transisi pemerintahan sebelum pemilihan Kepala Desa yang ke 5 yang dijabat oleh pelaksana tugas yaitu Gede Kamayasa hingga 18 November 2021. Pada tanggal 18 November telah dilantik Kepala Desa Balirejo Kecamatan Angkona Kabupaten Luwu Timur hasil pemilihan tanggal 02 November 2021 yaitu Bapak I Ketut Suantara dengan masa Bakti 2021-2029. Dilantik Oleh Bapak Bupati Luwu Timur Drs. Budiman M.Pd, di Gedung Olahraga Malili secara serentak 61 Desa.